内贸海运集装箱市场的以国有性质的航运公司为主，私营内贸航运公司也得到蓬勃发展，尤其是2008年在金融危机的冲击下，远洋运输一蹶不振。而我国内贸集装箱运输市场一枝独秀，内贸集装箱运输市场迎来快速发展，但同样我国内贸海运集装箱运输发展中也存在的问题。

（1）内贸集装箱运输管理机制不健全
（2）缺乏有效的理货机制。外贸集装箱运输在海关体系的严格要求和管理下，其理货机制是很完善的。但内贸集装箱运输却根本没有理货这个程序。理货机制的缺失带来了几个严重的问题：
       a.出现货损的法律空白。由于没有理货机制，货主、港口、收货人往往会由于某种原因造成的货物缺失而产生争议，但却没有有效的文件来证明或澄清。
       b.不能对危险品进行有效监控。在没有理货监督的条件下，部分货主就可以不报、瞒报危险品，或者夹带危险品，从而为运输安全带来了严重隐患，极大地威胁到人民生命财产的安全。
       c.内贸集装箱运输超载现象严重，内贸集装箱运输超载是市场存在的主要问题之一。内贸集装箱运输中货主为了节省运费获得较大利润，主观上希望最大限度地利用集装箱的空间。由于内贸集装箱货物种类繁多，甚至大量的建材、焦炭以及粮食都采用集装箱运输，因此就很容易造成内贸集装箱的严重超重，目前这种现象在我国港口普遍存在，但由于港口区域之间竞争因素大多采取忍让的态度。
（3）内贸单证体系不完善目前，内贸集装箱运输体系存在着严重的单证体系不完善的问题，主要表现为：不同的港口有着不同的单证，不同的船公司其单证也不一致。
（4）内贸集装箱运输价格体系不健全，交通部在内贸集装箱发展初期制定了内贸港口有关收费的规则，明确规定了港口对于内贸集装箱的收费标准。但是，这一标准严重低于外贸，基本上是外贸集装箱相关收费的一半。但随着内贸集装箱运输的发展这样的价格机制已成为了内贸集装箱发展的制约因素。同时由于内贸集装箱运价没有一个有效的监督机制，船公司之间在同一航线上的价格恶性竞争，也影响了内贸集装箱运输市场的健康发展。
（5）内贸水路集装箱运输市场准入机制需要调整
从港口层面来看，部分港口原先是从事外贸集装箱业务的，转为内贸集装箱码头或内外贸兼作的码头后，仍然能够保证拥有较完备的码头基础设施和管理体系。但部分中小内贸集装箱码头在基础设施条件和管理体系方面则有着很大的差距，闸口系统、信息系统、安保体系等都不健全。从船公司的层面来看，水陆内贸集装箱运输市场的门槛要远低于外贸集装箱运输，因而出现内贸水陆运输市场船型混杂，质量参差不齐，公司的运营管理体系也千差万别，这也是导致运价市场混乱的部分原因之一。
（6）内贸集装箱运输基础设施水平落后，装卸费率偏低。目前，我国内贸集装箱运输港口的基础设施水平还非常落后，内贸海运大部分码头由杂货码头改造而成，基础条件要远落后于外贸集装箱码头，极大地影响了内贸集装箱运输向更高层面的发展。码头装卸作业，内、外贸集装箱在码头的装卸成本几乎相同，但是装卸费率却仅有外贸集装箱装卸费率的1/2，加上油价的涨幅和人工费用，这就给内贸集装箱码头带来了较大的成本压力，码头管理方也不愿意花费高昂的代价来更新基础设施